Universitas Sains Al Qur’an merupakan salah satu perguruan tinggi Islam yang ada di Indonesia yang berdiri sejak tahun 1988. Pada awal berdirinya bernama IIQ (Institut Ilmu-Ilmu al-Qur’an) hanya memiliki 2 Fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Dakwah. Hingga saat ini mengalami perkembangan yang pesat karena telah memiliki 8 fakultas termasuk program pascasarjana dan mempunyai 27 program studi. Dengan sarana-prasarana dan sumberdaya yang dimiliki, UNSIQ diharapkan mampu mengemban tugas pokok perguruan tinggi yaitu Tri Dharma Perguruan Tinggi. Keberadaan Perpustakaan UNSIQ untuk menunjang terselenggaranya Tri Dharma Perguruan Tinggi tersebut secara optimal. Dalam menjalankan fungsinya Perpustakaan UNSIQ berupaya untuk menghimpun, mengolah, menyajikan serta menyebarluaskan informasi.
Perpustakaan UNSIQ bermula dari perintisan Perpustakaan IIQ Jawa Tengah di Wonosobo tahun 1988 yang dikomandani oleh Bapak Margolaksono Widodo, SH (alm.), pegawai Pemkab Wonosobo yang diperbantukan dibantu oleh Ibu Nur Farida. Dikelola secara sungguh-sungguh sebagaimana lazimnya perpustakaan perguruan tinggi pada Tahun 1990-1994 yang dipimpin oleh Bapak Drs. Samsul Munir MA. Pada Tahun 1994-1996 Perpustakaan dipimpin oleh Ibu Dra. Rufiati, dilanjutkan kepemimpinannya oleh Bapak KH Ibnu Hamid BA (alm.), kemudian Bapak Mukromin, M.Ag. sampai tahun 1998. Selanjutnya dipimpin oleh Bapak Tas’an, M.Ag. antara tahun 1998-2000. Tahun 2000-2002 kembali dipimpin oleh Bapak Drs. Samsul Munir M.A. Tahun 2002 -2010 dipimpin oleh Bapak Drs. M Junaedi, M.H., yang pada masa ini mengalami perkembangan yang pesat karena banyak mendapat bantuan dari luar. Tahun 2010-2017 dipimpin oleh Bpk Drs. H. Noor Aziz Ja’far, M.Pd. Selanjutnya pada periode 2017-2018 perpustakaan di pimpin oleh Bapak H. Samsul Munir Amin, M.Ag, pada priode Bapak Samsul Munir menjabat sebagai kepala perpustakaan kurang lebih 6 bulan, dikarenakan mendapat amanat untuk menjadi Wakil Rektor III menggantikan Bapak Abdul Kholiq, M.A yang telah wafat, sehingga pada waktu itu Bapak Samsul Munir mejabat sebagai Walik Rektor III. Pada tahun 2018 kepemimpinan di jabat oleh Bapak M. Fahrurrozi, S.Kep.,NS. M.Kes. sampai tahun 2021. Periode tahun 2021-2025 perpustakaan dipimpin oleh bapak Dr. H. Machfudz, M.Ag, dan pada tahun 2023 Dr. H. Machfudz, M.Ag, meninggal dunia selanjutnya kepemimpinan dilanjutkan oleh bapak Drs. H Noor Aziz, M.Pd sebagai Kepala Perpustakaan.
Pada awal tahun 2010 UNSIQ menjadi salah satu perguruan tinggi yang ditunjuk sebagai Pusat Keunggulan (Center of Excellence) oleh Kementerian Agama RI dengan didirikannya Pusat Studi al-Quran (PSQ) yang banyak memiliki koleksi Kitab-kitab Klasik dari berbagai penjuru dunia. Koleksi ini sangat menunjang studi agama khususnya bidang tafsir al-Qur’an yang banyak digunakan oleh mahasiswa pascasarjana.
Perpustakaan era sekarang tidak dapat dilepaskan dari perkembangan teknologi informasi dan komunikasi (information and communication technology), karenanya Perpustakaan UNSIQ secara mulai melakukan penerapan teknologi tersebut secara bertahap. Mulai pertengahan tahun 2010, Perpustakaan UNSIQ telah meningkatkan mutu layanan dengan menerapkan sistem perpustakaan digital dengan software LASer (Library Automation Services) yang dibuat dan dikembangkan oleh Sains Digital Library Research UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo. Adapun untuk meningkatkan pelayanan dan kemudahan akses informasi, perpustakaan UNSIQ sekarang beralih ke SLIMS (Software Senayan Library Management System) versi 9 bulian dengan alamat website http://www.lib.unsiq.ac.id.